起算日を教えてほしいです

今求償金の訴訟中なのですが
相手方が代理人をたててきて時効の援用を言ってきました。
念書はあるのですが平成21年1月からの月3万ずつの42回払いなので
本来ですと完済日は平成24年の6月だったのですが
それも5回ほど払ったあとに逃げられてしまい
その後居場所も連絡先もわからず
去年の1月にばったり出会い連絡先を聞き月に1万円ずつ貯めて
1年後に12万円振り込むと言う約束でしたが
その際のやり取りが電話だった為証拠がありません。
今度は弁護士に相談したところ
払う必要はないので和解金30万円でどうですか?と連絡が来ました。
残り100万円程あるので
納得できず訴訟をしてる途中なのですが
裁判官の方から一度弁護士さんに相談して
起算日をはっきり聞いてみて下さいと言われました。
起算日が平成24年の6月なら
まだ時効前に訴訟をしたことなるので
時効は来てないですとは言われたのですが
起算日はこの場合いつになりますか?

念書の内容次第です。
1.いわゆる期限の利益喪失条項が定められている場合には、『5回払った後支払いを怠った時点』(例;平成21年6月末日経過時点)あたりが起算日になるかと思います。
2.期限の利益喪失条項が定められていない場合でも、遅滞している金額全額の起算日がH24.6月になるものではなく、平成21年6月末日支払い分の3万円の起算日は平成21年6月末日経過時点、平成21年7月末日支払い分の3万円の起算日は平成21年7月末日経過時点・・・というように、3万円ずつ起算日がずれていくかと思います。

起算日が過ぎたあと
支払いの意志を示してきたので
振込口座などを教えてたのですが
その後やっぱり支払う必要がないと
時効の援用をしてきたのですが
時効の援用は可能なのですか?

その点は立証次第です。
電話での会話が債務の承認に当たるのであればその時点が起算日になるかと思いますが、先方が否認してきていると思われますので、どういった発言がなされていたのか、その発言が本当になされたなどについて、尋問等を通じて立証していく必要があります。
その立証が成功しなければ(=裁判官が『債務の承認がなされた』と認定できない場合には)、上記のようにより遡った時点が起算日になると思われます。

メールのやり取りで
和解金の提示をされたのですが
そのやり取りは債務を認めたことになりませんか?
ちなみに、時効援用を言い出す前のやり取りです。

和解金は『(法律的な中身の肯否はさておき)紛争の早期解決として』という趣旨で提示されるのが一般的かと思いますので、和解金の提示をもって債務承認と認定することは難しいと思われます。

メールでのやり取りで
私の口座を聞かれ
入金したら連絡します。
この件に関してはもうしわけありません。
という内容は債務を立証するには使えませんか?

前後の文脈などが分かりませんのでなんともいえませんが、その文面のみでは債務の承認と必ずしも断定できないように思います(和解金として支払う趣旨と言われればそうとも読めますので)。
個別具体的な事実関係に入り込みますと個々の証拠を見ないことには判断しづらいところがございますので、これまでの電話内容やメールの文面、訴訟の経過に関する記録等を持って近隣の弁護士にご相談された方がよろしいかと存じます。