自己破産になりますでしょうか?

個人で整体のお店をやっております。
個人事業主として前に勤めていた会社で働きながら
自分でお店もオープンしました。

始めて1年半経ちますが未だに
黒字がでず国庫から借りた資金が底をつきそうです。また営業にお金がかかりすぎるため今後続けていくことが難しそうです。

・患者さんに購入してもらった回数券の残債は
返すことができますか?

・また〇〇会社 名前で通帳を個人とは別に
作っておりますが個人名義の通帳の預金も差し押さえられますか?

・この場合は自己破産以外の手段はあるのでしょうか?

患者さんに購入して貰った回数券の残債を返すことは法的に問題がある可能性が高いです。
開業から1年半経っても黒字が出ず、資金が底をつきそうとのことなので、法的には支払不能という状態にあります。
一部の方だけに返済すると、後の手続に時間やお金が余計に掛かる可能性があります。

個人名義の預金は、20万円以上残高があると配当の対象となります。
他の財産との兼ね合いになりますが、自由財産拡張という手続を行えば99万円以下まで財産を保有できます。
判決等の債務名義を取られていなければ差し押さえられることはありません。

具体的な債務額等をお伺いしていないので、お答えは難しいです。
任意整理や個人再生という選択肢もありますが、ご質問者様の資産や負債の状況、借入に至った経緯等詳しくお伺いした上でないと、どの選択肢が最適かお伝えできません。
決算書等の資料を持参し、弁護士に相談することをお勧めします。

・患者さんに購入してもらった回数券の残債は返すことができますか?
→患者さんに返金したいということでしょうか。破産にあたっては一部の債権者に返金することはできません。

・また〇〇会社 名前で通帳を個人とは別に作っておりますが個人名義の通帳の預金も差し押さえられますか?
→差押え対象は原則として債務者の名義の財産ですが、実態として債務者の財産であれば差押えされる可能性はあります。

・この場合は自己破産以外の手段はあるのでしょうか?
→債務整理の方法として、ほかに任意整理や個人再生もあります。どの方法が一番良いかは一般論では回答できませんので、お近くの法律事務所でご相談されることをお勧めします。