不正行為の認めるところは認め、支払いをするが、会社側の妬みによる捏造に対して対応を相談したい。

会社で不正行為があったと告げられました。
経費私的流用、領収書改ざん、交通費二重計上なと
見に覚えがある物もありますが全てではないのですが、一つ認める物があれば全てではないかと。
きちんと認めるところは認め、支払いもしたいのですが、会社側で私に妬みを持っている人がいる為私を徹底的に捌くつもりです。
私は会社に今後どの様な対応をしていけばよいのでしょうか?

まずリストアップされた事項に関して、
ご自身の記憶や記録などをもとに認否をしてください。
曖昧なものもでてくるかと思います。
民事だけでなく、刑事の責任も生じますので、認める分を支払って解決というケースではないと考えられます。
自分で認める金額、疑義の有る金額を踏まえたうえで、示談を求めるかたちになるでしょう。

会社への詐欺等になり得る行為ですので、やっていない部分については、しっかりとやっていないことを主張した方が良いでしょう。

その上で損害賠償を含めた示談金の交渉をし、示談の成立を目指す必要があるでしょう。

今後私はどのような対応をしていけばよろしいのでしょうか?
現在精神的に追い込まれてしまい体調を崩しており有給にてお休みをしております。
退職の意思も伝えました。退職願いも送りました。
会社からの連絡をまつべきでしょうか?

会社としては、刑事告訴事案であるととも、懲戒解雇検討事案ですので、
連絡を待つのではなく、
会社側に弁済の提案をすべきです。
具体的な金額は会社側からの資料提供がないとわからないと思いますが、
弁済意思は示しておくべきです。

少なくとも被害弁償の意思がある事は伝えておく方が良いでしょう。また、ご自身で対応することが精神的に辛い場合には、費用はかかりますが、窓口として弁護士に依頼をし示談交渉等を含め弁護士に任せることを考えても良いかもしれません。