まず、相手方（会社側）が何を根拠にして、請求している金銭分の日数を相談者さんが欠勤していると主張しているのか冷静に考える必要があります。 質問内容から、相手方は、相談者さんが全日数を欠勤しているとは主張してきていないと思います。 相手方が、相談者さんが出勤しているとしている日数と、相談者さんが欠勤しているとしている日数を切り分けている根拠や基準を調べ、対応を考えられたらいかがでしょうか。

労基署に相談される際は、会社に出勤を申請した書類、欠勤扱いされている現場に一緒に出勤した同僚や関係者の証言（ないし証言を記載した書類）、（存在するならば）当日の現場の写真、（当日の）スマホのGPS履歴等、相談者さんで考えられる限りの客観証拠を用意して呈示されたら良いでしょう。