ユーチューバーの方の嫌がるマナー違反には営業妨害になりますか？

業務妨害にはならず、信用棄損にはならず、名誉棄損にも ならないので、表現の自由の範囲内ですね。

アニメのブラックジョークを改変した書き込みに犯行予告は成立しますか？

犯行予告とは言えないが、改変も著作権に 触れることがあるから、注意しないとね。