業務上横領の疑いをかけられています

兄が業務上横領の疑いで100万円請求されました。
兄は自動販売機オペレーターをしています。
先日集金を行ったところ1ヶ所の自販機で10万円ほど売上金が不足していたようです。
集金時には気付かずそのまま事務員に渡し、その後不足している事を指摘されました。
再度確認に行ってもお金は見つからず、そのまま横領を疑われました。
その事を社長に話すと、兄の担当している自販機を全て調べ今まで良しとされてきた不足分まで加算され、担当していた台数も多かった事もあり、50万程となりました。
更に横領した場合2倍の金額を支払うという規約があり、100万円の請求となりました。
兄は過去一度も横領はしていません。
真面目に働いてきたのに、このまま解雇になります。
証拠は兄が集金時に書いた伝票と自販機が自動で出す売上金額だそうですが、それが兄が横領した確固たる証拠になるのでしょうか?
そして100万円支払わなくてはならないのでしょうか?

確たる証拠とは言えないでしょう。
なぜそのようなことが生じたのか、原因をいくつか検討するといいでしょう。
自販機に問題はないのか、など。
原因があるはずですね。

今のところ自販機に問題はないようです。
兄も何故お金が合わないのか全く分からないそうで、どうしていいのか分からない状態です。
もし、このまま埒が開かず警察に入ってもらうこととなったら、兄はこの証拠で逮捕されたり損害賠償を請求されたりするのでしょうか?

また横領を認めていないのに2倍の100万円支払わなければならないのでしょうか?
本当は一銭も払いたくないですが、自販機を担当していた責任として無いとされる50万円を補填する形で支払いすることも考えています。

逮捕はないでしょう。
損害請求はお兄さんの故意か過失が立証ができるかどうか。
横領否認のうえ、原因不明だが、管理していたものとして損害は補填する、
ということでしょうか。
これで終わります。