工事の遅延による違約金を請求したい

自宅の工事を発注したのですが、完成の期限を1ヶ月近く過ぎて引渡しになる見込みです。
工務店に違約金を請求したいと考えていますが、
どのような手順で請求をすれば良いのか分かりません。

・工事請負契約書には、遅延した場合の取り決めについて次のように記されています
「発注者は、受注者の責めに帰すべき事由により目的物の引渡を遅滞している場合は、遅滞日数1日につき工事請負代金額の2500分の1の違約金を請求することができる」
・契約書に記載の工期は、着工7月、完成11月です
・工事工程表では着工7月、完工10月です
・工事開始後、各工程に予定より時間がかかり、スケジュールが遅れていきました

このような状況で、法律的な観点、常識的な観点で、契約書に書かれている条件での違約金の請求は可能なのでしょうか。
またその際に、どのように請求すべきでしょうか。
メールなどで交渉して、完成金の支払いから減額してもらうなどの対応で良いのでしょうか。あるいは遅延損害金の請求書のようなものを作る必要があるのでしょうか。
違約金を請求するタイミングについても、知りたいです。
できるだけ早い段階で内容について確認・合意した方がいいのか、あるいは引渡し直前に交渉を始めるのがよいのでしょうか。
また、請求後に減額などの要求があった場合はどのように応じるべきでしょうか。

受注者の責めに帰すべき事由があるか否かを受注者側が争ってくる可能性があるかと思いますが、まずは、書面やメール等の証拠に残る形で契約書の条件に基づき違約金請求をなさることに特段問題はないかと思います。

完成時に支払う報酬•代金から違約金分を減額してもらう方法が簡便ですし、注文者のあなたにとってはリスクが少ない方法かと思います(完成時に支払う代金を支払った後に違約金の請求をする場合、受注者側に争われると、あなた側に請求•回収のためのコストがかかりますので)。

引渡しの目処が立っているなら、引渡しの前に合意に至れるよう、話し合いを開始しても特約問題はないかと思います。

なお、当事者間で話がつかないようなら、弁護士にご相談なさることもご検討下さい。