私が被害者なのに被疑者で終わってしまった

企業の採用面接で侮辱され人権侵害になる質問をされました。
面接官の質問を箇条書きでネット上に投稿し
「この面接酷くないですか?」と書き込みをしました。
そしたら会社社長が「わしはこんな発言はしとらん。ちょっと厳しいこと言っただけや」と警察に嘘の申告をし、名誉棄損事件として家宅捜索を受け取り調べを受けました。
その後相手側と私の親との間でいつのまにか示談交渉が進んでいて、高額な示談金を請求され示談が成立しました。

相手の侮辱発言自体が脅迫罪や傷害罪(うつ病)になるのですが、私だけが犯罪者として扱われました。
相手側や警察は私の住所や勤務先も知っています。すでに示談は成立していますが、警察に対して抗議などをして私が不利益を被ることはあるのでしょうか?

警察に嘘の申告をした点についてはどうですか?
録音の証拠はないですが、ハローワークに面接の記録があり、それが証拠になります。

書き込み内容を拝見していないので判断が難しい部分がありますが、名誉毀損で警察が強制捜査に踏み切ったのであれば、表現の仕方からして名誉毀損の違法性阻却事由が認められないこと(たとえば、投稿目的がもっぱら公益を図ることではないこと)が明らかであったこと等が考えられます。

いずれにせよ、真実がどうであれ、法的には、あなたが違法性阻却事由(公共性、公益性、真実性)を立証できないかぎり、名誉毀損罪に問われ得ることは間違いありません。通常は警察官と争っても得なことは何もないですし、警察官の大多数は誠実に職務を遂行されているかと思いますが、国家権力を盾に違法行為を平気でする警察官いることさえ否定できず、その場合は反社会的勢力よりも遥かに怖いと考えておいた方が良いかと存じます。

他方、供述調書作成時においては、警察の思惑通りに答える必要はありませんので、ご面倒でもご自身の記憶と違うことはきちんと違うと言うことが重要です。