女子トイレに男性が入った場合どうなりますか?

男性が女子トイレに入ってお店の人に連れていかれて警察には電話しないと言われた場合職場には連絡はされますか?

条例違反ですね。
職場に電話される可能性はあるでしょう。
どのように対応するかは店ごとに異なるので、何とも言えませんね。