ブランド修理の商標権侵害と販売について

修理であれば問題ありません。 何かを付加したり、改造すると商標権侵害になりますね。 修理後に転売するのは、転売ビジネスとして適法です。

商標権侵害請求書が届いた際の対応について

「特に連絡するようにとの記載はありませんでした。」とのことですが、特に争うおつもりもないということですし、実際対応をされたということですので、内容証明が届いた日にとられた対応やお考えについて弁護士に書面にて連絡されておいて如何かと思います。