電子カルテ削除疑惑と懲戒解雇問題についての相談

クリニック勤務(会社経営)です。社長より、【電子カルテの削除した履歴がある。】と退職推奨をされました。
私のidでログインされており、履歴も見せてもらいましたが身に覚えがありません。間違って消したかもしれませんが(削除ボタンですぐ消えるシステム)故意には行ってません。
また、ログインは私でなくても誰でも私のiDでログインされます。
こちらの意見は聞く耳を持たずでした。

急な退職をつげられ、必要なデータなどは会社のクラウド上に残し、パソコンは初期化して返却したところ、
機密情報削除で懲戒解雇と言われました。

機密情報はクラウド上にあるため、そちらは何の削除もしていません。

一方的に言われ困っています。
これから転職するにあたり、懲戒解雇は困りますし、有給もとりあげられました。

労働契約法第十六条 「解雇は、客観的に合理的な理由を欠き、社会通念上相当であると認められない場合は、その権利を濫用したものとして、無効とする。」との規定があります。懲戒解雇事由(通常就業規則に規定)に該当する行為が認められるかは、記載されている事情だけでは判断できませんが、解雇無効を争う余地はあるように思います。
 使用者の態度から見て交渉での解決は難しく、労働審判や訴訟手続で争う必要があると思います。
 なるべく早く、弁護士にご相談されることをおすすめします。

・「私のidでログインされており、履歴も見せてもらいましたが身に覚えがありません。間違って消したかもしれませんが(削除ボタンですぐ消えるシステム)故意には行ってません。また、ログインは私でなくても誰でも私のiDでログインされます。」

医療情報システムの安全管理に関するガイドラインからすると、俄かに信じがたいというのが率直なところです。
概要記載のとおりであったとするならば、履歴の保全などを求める必要があります。
ユーザーIDだけでなく、端末情報やログイン情報も残っているわけですから。

・「必要なデータなどは会社のクラウド上に残し、パソコンは初期化して返却したところ、機密情報削除で懲戒解雇と言われました」
会社から指示をされたわけでもないのに初期化したのは何故なのでしょうか?
発端の電子カルテ削除の件からすると、クリニック側からすれば、何某かの不正を行っていて証拠隠滅をはかったと捉えられてしまうでしょう。

個別相談で包み隠さず事実を伝え、疑問を持たれるであろう事項に関してもきちんと説明しご相談なさったほうがよいでしょう。