他人のタイムカードを押すことについて
私は飲食店でアルバイトとして働いています。そこのお店では閉店まで働く場合は自分で退勤のタイムカードを押さず、パソコンに日報を打つ人が全員分の退勤を押すことになっています。給料は15分単位となっており、退勤時間に近い時間で打つようなのですが自分がこれをやったら犯罪になるのではないかと怖いです。また、6時間を超えても休憩がないため、休憩したかのように偽造してタイムカードを打ち直すことになっているようでした（働いた分に休憩時間を足す）。会社は休憩を取らせるように言っているようなので、休憩に関しては店長の独断でやっていることかと思われます。
店長の指示でやっていたとしてもこれはやはり犯罪になってしまうのでしょうか。
休憩時間に関して、労働基準法に違反するようですが、あなたは店長の指示で
やっているのですから、発覚しても処分を受けることはないでしょう。
休憩時間や，１５分単位でしか給与計算をしていないこと等労働基準法違反が常態化しているかと思われます。
タイムカードの内容を改ざんして打刻することについて，違法行為となり得る行為ですので，店長からの指示で拒否することができない状況であったことについてしっかりと証拠を残しておく方が良いでしょう。
証拠がなく，後々発覚した際に，一人で勝手にやった，店長はそんな指示を出していないなどと主張された場合に責任を取らされるリスクがあるでしょう。