ワクチン接種の有無で差別されますが、これは不当でしょうか?

インフルエンザワクチン接種の有無によって差別されます。
法的な解釈はどうなのか教えて頂けたら幸いです。

知人(母子家庭)が児童養護施設に長く子供を預けています。
知人には疾患があり、障害者手帳を所持しています。
頻繁に体調が急変するため子育てが出来ず、仕方なく子供を施設に預けている状況です。

一方、子供にはアレルギーがありワクチン接種ができません。
ですが、施設からはワクチンを接種していなければ、インフルエンザ陽性となった場合、子供を自宅で診る必要があると言われています。
ワクチンを接種していれば、施設の方で診るとのこと。

施設の子供が全員、インフルエンザ陽性の場合は自宅で診る必要があると言うのならまだ納得も出来ますが、ワクチン接種の有無で対応に違いがあるのは納得できません。

ワクチン接種の有無に関わらず、他の子供と同様に施設で診るように、児童相談所または児童養護施設に主張することは法律上可能でしょうか?

まずは契約書に何とかいてあるかが重要です。
施設側には施設管理権に基づく広い裁量があるので、その区別に合理性があるなら何ら違法とは言えません。
ただ、ワクチン接種は個人の発症や症状を抑えるためのもので付着したウィルスの感染力自体はワクチンを打とうが打たなかろうが変わらないはずです。それにもかかわらず既に陽性の子どもをワクチン接種の有無で区別することには合理性はないように感じます。