司法判断が必要ですか。

隣家との境界線問題です。
測量士による境界線確定後、立ち合い時に同意もあり境界杭埋設まで確認したにもかかわらず「確認書」の署名・押印を拒否され困惑しています。
境界線の明確化を先に求めてきたのは隣家ですが、費用負担も拒否され当方で全額負担します。(未払い)
既に新築作業は進行中のため早期に収束したいのですが・・・
因みに、もう一軒隣接している方からは「確認書」の署名・押印は頂きました。

>「確認書」の署名・押印を拒否され困惑しています。

話合いで境界の確定が出来ない場合には,境界確定の訴訟を提起して,最終的には裁判所に境界を決めてもらうことになります。

測量士による境界線確定後、立ち合い時に同意もあり境界杭埋設まで確認したにもかかわらず「確認書」の署名・押印を拒否され困惑しています。

境界確定訴訟も考えられますし、法務局へ筆界特定の申請も考えられると思います。
その前に、弁護士に入ってもらって交渉してもらうことも考えられると思います。