離婚訴訟の適切なタイミング

結婚当初から別居婚で4年目です。いずれ同居の予定でしたが、離婚の話をしてもうすぐ2年です。調停では結婚当初から関係が破綻していたことを主張しましたが、認められず、不成立になりました。
別居期間が長引けば、離婚が認められる可能性が高いそうですが、調停後に離婚訴訟を起こすタイミングはいつが良いでしょうか?
すぐだと棄却される可能性があるので、数年待った方が良いでしょうか?

離婚訴訟をするにはまだ若干早い気がするので、確実を期すのであればあと1~2年待つのがいいと思います。
ただ、婚姻期間が長くないので、現段階で訴訟を提起することも十分検討に値すると思います。

相手はそのうち円満調停を起こしそうです。応じずに離婚訴訟を起こすということはできますか?

調停に応じず不成立とするのであれば、離婚訴訟を提起しても問題ありません。