侮辱行為と感じるが法的に上手くできないか?

小規模チェーン居酒屋の店長が客の女性が既婚者と知りつつ不倫の関係になり、従業員皆知っている状況にもなり、オープンから閉店後も不倫相手を店にいさせる。閉店後にきた不倫相手を連れ込んでいる。閉店は0時にも関わらず、不倫相手や従業員と店で早朝まで雑談?飲み会?など数回している場合。相手には慰謝料勿論のことだと思いますが、店側(本社または、別でオーナーへ)何かしらの申立ては可能でしょうか?店ぐるみで侮辱されている感覚です。

>店側(本社または、別でオーナーへ)何かしらの申立ては可能でしょうか?

法的に何かを求めることは難しいですが、店側に報告ぐらいはできるかと思います。
憶測で報告ということであれば、話は別ですが。

従業員皆知っていることは確認済みで、数回行っている証拠(配偶者の車がある)や悪友と居るその店にいる所を動画に残したりメモしてあります。

店の外で何をしているかは別として、店長が働く店舗内でのできごとであれば、報告してみてもいいかもしれません。

流石に店内の様子まではこっちが不利になる場合があるので控えてます。店先テーブルにいた時から、閉店数時間後に相手に車運転させて相手宅へ帰る時間帯は押さえておいてるぐらいです。

店内での様子を報告する程度であれば、報告する側が不利になるようなことはないかと思います。

相手、配偶者の務め先にバラす行為は名誉毀損で逆に訴えられる記事をみたことあるので、乗り込むことは控えることにはしているのですが、この場合は皆知ってるってのもあるので、また違うかもしれませんが、後懸念事項で相手が墨入りであることと、元か現役か微妙な暴力団関係者、半グレっぽいのが出入りしてる店でもあるので躊躇しています。

ご認識のとおり、相手、配偶者の勤め先にばらすことは法的にリスクがあります。
それ以外の懸念点については、どのような事態となるか判断が難しいです。