亡くなった父親の借金と借用書

12年ほど前に父親が部下から100万を借りていました。借用書も存在しますが、父親は5年ほど前に亡くなりました。先日突然相手が実家に来て母親に、本人が亡くなったのは知らなかった、借用書を見せてきてお金を返してほしい、と言われました。借用書は確かに本物です。
返済してない証拠も、返済した証拠もなく、本人間の中でしか真実がわからないのですが、仮に父親が返済したのに相手が借用書を破棄していなかったなどの可能性もあり、返済するべきか困っています。この場合返済義務はありますか。

相続をどのように処理したかにもよります。

相続について処理していないのであれば、相続放棄をすることで支払い義務を免れることができます。
相続放棄が既にできない状況(お父様の遺産を使っている場合等)でも、お父様のこれまでの支払状況等によっては、既に時効が成立しており、時効を主張すれば支払い義務がなくなる可能性があります。

詳細にご事情をお伺いしないことには、時効成立の有無についても判断ができませんので、お近くの法律事務所に直接ご相談されることをおすすめいたします。

裁判になった場合には,返済したことを借りた側が証明する必要があります。
そうすると返済したと言って返済を拒み続けることは難しいかもしれません。
一方で,借用書における返済日や返済状況によっては時効によって消滅している(返済義務がなくなっている)可能性があります。