被害届けを出されてしまいました。まずは警察に行って話をしようと思います。

とあるショップ店員です。
以前商品の注文を頂いたのですが、商品が入荷できませんでした。
その金額は今後の商品に使いたいと言われ、所謂プール金となりました。
ただコロナのため業績が悪化し、プール金のお金が集める事ができませんでした。
とうとう相手側が現金で返してほしいと言われ期限を決められていたのですが、遅れる旨の連絡をするのを忘れてしまい、先程「被害届けを出した」と連絡が来ました。
この後警察に行き、話をしようと思います。
私はどうしたらよいでしょうか?

とりあえずは注文者に対して速やかに商品代金を返金すべきです。

そのうえで、注文者との間で示談書を交わして被害届を取り下げてもらうべきでしょう。