無許可業者での勤務、知らずに従事した場合の法的責任は?

産業廃棄物処理業者で働いていたのですが、会社が無許可だったらしく
指示通り真面目に仕事をしていただけなのに…という主張は通らないのでしょうか?
違法だとわかっていただろ?ときつい口調で取り調べも受けました
「知らなかったけれど、作業していた事は事実なのですみませんでした」
ではすまされないのでしょうか?
個人で主張するより弁護士さんにお願いしたほうがいいのでしょうか?

懲役や罰金を払わなければいけない可能性が高いのでしょうか?

弁護士に依頼することの大きなメリットは、 弁護士が介入する前後で、警察・検察庁の対応が大きく変わる点です。
弁護士に依頼した後は、弁護士を通じて警察や検察庁からの呼び出しを受けることができるため、 精神的な負担が軽減され、取調べに対して冷静に対応する余裕が生まれます。

さらに、弁護士は、本人の状況や主張を法的に整理し、 検察庁に対して意見書を提出することも可能です。

事実関係の詳細は不明ですが、 「会社の指示通り真面目に業務を行っていただけ」という主張も、 業務内容や会社での立場、上司からの具体的な指示の内容などを丁寧に説明することで、 犯罪の故意がなかったと判断され、不起訴となる可能性も十分に考えられます。

ご自身での対応が難しい場合には、 弁護士に相談されることをお勧めします。