1万円盗んでしまった

先日職場で1万円を盗んでしましました。
後日職場に警察が職場にきて窃盗があったので従業員の指紋とロッカーの指紋を採取されました。指紋が一致した場合捕まるのでしょうか?

質問者様が1万円盗んだという事件と後日の窃盗事件とは別事件ではないでしょうか。ロッカーを従業員が頻繁に使用しているのであれば、複数の従業員の指紋と一致するのではないでしょうか。いきなり逮捕されることはないでしょう。

週末にお金を盗んでしまい、週明けの月曜日に警察がきました。警察が来た詳細は詳しく聞いていないのですがおそらくそのお金の件だと思います。

指紋はロッカーに触ったことまでしか認定できないので、指紋の一致のみで即逮捕、ということは考えづらいように思います。
通常は、窃盗事件が続く→被害者が監視カメラを設置→窃盗行為時の状況が録画される→ほかに犯人が考えられず、逃亡と証拠隠滅のおそれが否定できない場合に逮捕、という流れを辿ることが通常です。