無茶な仕事を頼んできた業務委託先の会社から, 訴えられいます。

半年前に3ヶ月期間での受託開発の仕事を受けました。
このとき, 前金の半分(20万円ほど)だけもらいました。

要求の変更が多いクライアントさんで, 2ヶ月と2週間たったころにかなり大きな変更を言い渡されました。

どうやっても, 残り2週間で終わらない作業ですし、当初の仕様と変わりすぎている状態でした。
ですので, 2週間で終わるようなところまでの作業をし、終了しました。

ただ、残りの半分の金額が支払われない状況です。
それどころか、当初の予定通りリリース出来ず、その分の利益がでなかったとして訴えられ、"裁判所にきください"という旨の紙が届きました。

どうすればよいのでしょうか?

詳細不明のため、私見ですね。
変更業務は、最初の受託業務とは別の受託業務になりますね。
あなたは、業務の変更があったとしても、それが最初の業務
とかけ離れたもので、およそ2週間でできるものでないとき
は、それにつき新たな合意がないかぎり、拒むことができ、初
期の約定に沿った金額を請求できると考えられますね。
相手に債務不履行があるものと考えられます。
したがって、残金全額請求していいと考えますね。
これまでの経緯を記載した書面を作成して、裁判所に持って
いくといいでしょう。