パワハラについて。税区分甲なのに乙で徴収されています。

今年1月にアルバイト勤務していた同系列会社の別部署に異動しましたが、つい先日、シフト調整の為の社内の書類提出先が間違っていたと女性上司に罵倒され、話し合いになったばかりでした。加えて残業している割に給与が少ない為、調べたところ、異動前の今年1月に扶養控除所得申請書を提出したにも関わらず、税区分を甲ではなく、乙で計算されていた為、所得税を2万円近く天引きされていた事が判明。また、土日祝出勤の際は時給100円アップと周知されておりましたが、アップされておりませんでした。扶養控除等申請書は提出しても控えを渡されないために、会社側と出した出さないのトラブルに発展した場合、どのように対処してよいか分かりません。(ちなみに月に83000円以上勤務しているため、主たる勤務先になります)そして、誤って乙で徴収されていた税金分をすみやかに現金で会社側から返還してもらうには、どのように交渉すべきでしょうか?お知恵を拝借できれば幸いです。宜しくお願い致します。

会社が提出を認めないなら改めて出し直して訂正してもらう。
応じないなら、年末調整のときにやり直す。
最後の手段は、確定申告で還付請求する。
弁護士よりも税理士が回答するといいのだが。