お客様へ返金できなくて困っています。

ネットショップでお客様から前入金で受注をうけて商品を発送したが長期不在で戻ってきてしまった。
何度もお客様と連絡を取ろうとしても取れないので返金もできない場合はどうすればいいですか?

ひとまずある程度の期間、預かっておけばいいと思います。
一度発送している以上、あなたが行うべきことは行っていますから、返金する必要はないでしょう。
きちんと発送した記録は残しておきましょう。
問い合わせがあれば一度発送したことなどを説明して、再発送を行うかどうかというところではないでしょうか。