他人名義の口座から勝手に引き出しはあり?

別居中の嫁に私の口座から勝手に引き出されました。
通帳は私が持っているのですがカードで引き落とししたようです。
返金するよう求めたのですが無視されており返金に応じてもらえません。
生活も厳しいですし精神的にも無視されキツイです。
このような場合どうしたら良いでしょうか?
返金してもらえるのでしょうか?
返金されない場合訴える等対応可能なのか知りたいです。

まずは銀行でカードの使用停止の手続きを取るのが手っ取り早いと思います。その上で、離婚協議に入った際に、配偶者の引き出した額について、婚姻費用や財産分与の話し合いの中で調整要素としていくことになるでしょう。

今無理に返金してもらう必要はないということですね。
ただ財産分与ということは全額返金されないのでしょうか?

いくら下ろされたのか不明のため断言はできませんが、夫婦である以上、別居していても配偶者の生活には責任を持つ必要があるため、(金額にもよりますが)預金は生活費として下ろしたのだと主張されれば法的に返せとは言えないと考えられます。
今後のことを考えると、お金以外の問題も含め、早めにお近くの弁護士に相談されることをお勧めします。