名誉毀損罪はどちらに適用されますか?

この場合処罰を受けるのは誰ですか?名誉毀損罪についてです。フィクションです。

とある合成サイトを利用しBさんはAさんの画像を合成し名誉毀損させてしまうような画像を作ってしまいました。
Bさんは流石にまずいと思って出来上がった画像の保存はしませんでした。
流出したらどうしようと思っていたBさんですが、サイト側には1ヶ月でアップロードされた画像はサーバーから削除しますとの記載があり安心していました。

しかしサイト側が削除しておらず流出させてしまいBさんが合成した画像がネットに拡散されてしまいました。

この場合、おそらくAさんの名誉を毀損する行為なので名誉毀損罪になるのではと思うのですが
①サイト側かBさんのどちらが処罰を受けることになりますか?
②Aさんの写真を加工のためにサイトのサーバーにアップロードしたBさんへの処罰として考えられるのはなんですか?

名誉毀損罪に関してはサイト側のみに適用されるような気がするのですが違いますか?

サイト側とBさんの両方の責任問題になりますね。
Bさんは少なくとも肖像権侵害等に該当しますね。
詳細な法律構成等を確認したい場合には個別に弁護士にご相談いただくとよいでしょう。