父が老人ホームにいるのに預金の使いこみが発覚しました!

通帳とキャッシュカードを預かっていたが5月1日から父がホームに入所しており5月12日に500万づつ合計1000万の振り込みが親戚名義の口座に振り込まれていて、父がホームから外出した記録がないどうしたものか悩んでます。

お父様に確認するのが第一かと思います。
仮に、お父様が認知症などであれば、その親戚に確認するしかないでしょう。
場合によっては、成年後見人を付けて、不当利得返還請求でしょうね。

>父がホームから外出した記録がないどうしたものか悩んでます。

対応としては、まず
①父②その親戚、に対して振り込みに関して経緯を確認しましょう。

その上で、仮にその親戚が不審な行為をしている、などの事情(もしくはその疑い)があれば、
今後の対応について弁護士に相談にいきましょう。

まずはお父様にご確認ください。

お父様が承諾のうえで親戚に振り込んでいる場合には、特に法律上の問題はありません。

振込についてお父様が知らないということであれば、親戚に確認してください。

親戚も知らないということであれば、振込が行われた金融機関から預金払戻しの際の伝票等の開示を受け、筆跡等の確認をしたほうが良いと思います。