子供と住民票を分けることに問題は発生しますか?

私は中学生の子供がいるシングルファーザーでした。
子供は実家に預け、平日は都内で働き都内で家を借り、休日や早く帰れる平日は実家の神奈川に戻るという生活をしておりました。
そして、このたび再婚し、都内にマンションも購入することになりました。
ただ、子供の中学卒業までは、子供と妻と私の3人で住むことはせず、
私は生活スタイルを変えず、平日は都内で働き、妻の住む購入したマンションに帰ったり、休日や早く帰れる平日は実家の神奈川に帰るという生活にする予定です。(高校に行くタイミングで3人での生活を考えております。)

ご相談させていただきたいのは、私の住民票をどこに定めるべきかです。
現在、私の住民票は子供と共に実家に設定しております。
マンションを購入する際に住宅ローン控除を受ける場合、住民票を移す必要があります。
ただ、私がそこに住民票を変更した場合、子供のみ住民票が別になるという状態になります。
お金だけのことを考えるのであれば、住宅ローン控除を受けた方が金銭的負担が軽減するため、受けたいのですが、
これは問題になるでしょうか?

問題にならないでしょう。
子供の住民票は、あなたの親のどちらかが世帯主となって
訂正されると思いますね。