遺産分割協議中に受取人指定の保険金を使うのは違法?

遺産分割協議中です。相続人が3名います。
3名のうち1名の相続人を受取人指定とする
保険金額が遺産に対して50%を超過しています。

50%超過と割合が高いこと、高い割合に見合った特別な理由もないので
受取人指定の保険金を含め分割を主張されています。

協議が終わらないうちに受け取っ保険金を使い切り
その後、裁判で特別受益の主張が認められた場合
どう請求されることになりますか?

特別受益分について、残りの遺産を多い割合貰えるので、そう言う合意となるでしょう。
残りの遺産が特別受益の返還分に足りない場合は請求できません。法律上、そのように明示されているので。

民法 第903条【特別受益者の相続分】
② 遺贈又は贈与の価額が、相続分の価額に等しく、又はこれを超えるときは、受遺者又は受贈者は、その相続分を受けることができない。

ただし、遺留分も下回れば、遺留分請求は可能です。
その場合は金銭請求になり、未払いの場合は、不動産とか他の財産を差し押さえることもありうると思います。

相続開始時(被相続人が亡くなった日)が基準となります。
遺産(特別受益の保険金)を管理している人がその後に使ってしまったとしても、遺産が存在するものとして、管理していた人は支払を求めらることになります。
審判等の裁判が終わるまでは、保険金を使わずに置いておくのがいいと思います。