内容証明郵便について質問です。

何月何日までに返事がない場合には、この文書の内容に同意したものとする。

というような内容証明郵便を相手に送り、返事がない場合は、相手はその文書の内容に同意したことになるのですか?

内容証明郵便は、「こういう内容の郵便である」ということが証明されるだけで、内容の正当性などまで証明されるわけではありません。
返事がない場合、相手の行為がないわけですから、同意の有り無しについては原則としては何も起こらない現状維持です。
ただし、例外的に、法令(民法114条、1008条等)により、返答のないことが要件になって一定の効果が生じることがあります。