開示が間に合うか知りたい

Xの匿名掲示板で私に誹謗中傷してきた相手を特定したいけど、開示請求が間に合うかわからず悩んでます。

ちなみに誹謗中傷の投稿日から3ヶ月過ぎていて、一般的にプロバイダのログの保存期間は3~6か月とかなり短いケースが多いと聞きました。

ログの保存期間が過ぎてもXのアカウントが残ってる場合相手を特定できますか?

そのアカウントに電話番号が登録されているのであれば、特定できる可能性はあります。逆にいえば、電話番号が登録されていない場合は、特定が難しいケースは多いです(特に、X社は開示請求への対応が極端に遅いので、仮にアクセスログ保存期間が6か月のプロバイダから発信されている事案でも、3か月が経過した時点から動いたのでは間に合わない可能性が高くなってきます)。

電話番号が登録されていれば永久に特定可能でしょうか?今見たらアカウントも消してました。

ちなみに、相手側は大手垢で、私自身がその加害者に匿名掲示板で意見したら、誹謗中傷されました。その場合も名誉感情の侵害は認められますか?

SNSの場合、対象のアカウントが削除されると一定期間(30日程度)でアカウントに登録されている全ての情報が消去される、と説明されているサービスが多いようです。そのため、アカウントが削除された場合は一分一秒単位の勝負になります(数日の差で間に合わなかったというケースもよくあります)。
後半のご質問は、実際の投稿を見なければ回答不能です。直接弁護士へ相談してください。