育休申請と就業規則の優先順位や無効化の可能性についての法的見解は？
長いのですが経緯を確認頂きご質問をさせて下さい。
2024.4月から体調不良で3ヶ月傷病休暇を取得後、7月から10月までは間引き出勤。(平均すると週3日ほどの出勤で休みの日は傷病手当の申請を行なっていました)
傷病休暇と同時期に妻の妊娠が判明し（11月中旬出産予定も実際は10月下旬に出産）、事前に出産してから1ヶ月間育休希望（状況により期間を延ばす可能性あり）と伝え、実際に10月末から育休を取得するも
11月中旬に家庭の事情などで期間を変更希望と社長に連絡を行うが2週間ほど連絡が無く12月に入り会社から連絡があり育休の申請は1ヶ月だったので12月からは無断欠勤になっているとの事。
このままだと自然退職になるため復帰日を確認するために2日間選んで話し合いに来てくださいとの連絡があり、時間を調整するのが難しいためズームなどでお話し出来ないかを聞くも連絡が返ってこず。 12月16日にこのままでは、らちがあかないため、育休申請書（期間を1年間にした）を郵送する。
後日会社から連絡があり最初の申し出と違うので1年間の育休申請書は認められないとの事で期間については社長に話して下さいとの事だったので12月末に社長に連絡するも県外や海外へ出張中のため電話ができないとの事。 そこから年明けまで連絡がなく、1月中旬に 復職が難しいと判断したため、退職扱いとなります というLINEが届く。
就業規則・解雇理由証明書・解雇通知書を出してもらうように連絡をする。 その後就業規則・解雇理由証明書・解雇通知書を送ってもらい就業規則では私傷病の休職期間が6ヶ月になっているため休職期間を満了してるので退職となるとの連絡があり
その後労働局に相談し話し合いの場を持ってもらい一年間の育休を認めて復職させてほしいとお話ししたのですが
「育休は拒否できないのは分かっているが退職は傷病休暇の休職期間の満了(2月16日)までに復帰出来ず話し合いを拒否され復職の意思を確認出来なかったため退職になるが退職日(2月16日)までは育休を認める」と言われ
こちらは「提示された2日間が難しかったためズームでの話し合いを求めた」
「就業規則は知らされておらず1月の退職にの連絡が来た先に初めて知った」 労働局の方も 「育児休業給付金は会社が負担するわけでもなくデメリットもないため取得させてあげたらどうか？」 と助言もして頂いたのですが 受け入れてもらえず退職日までの育休申請しか出来ず復職もできない事になってしまいました。
経緯は以上となりご質問なのですが
①結果的には退職前に一年間の育休申請を行なっているのですが育休申請と就業規則による退職はどちらが優先されるのでしょうか？
②仮に就業規則が優先され退職になった場合に就業規則の周知はされていない事を労働局の方からも問われる周知できていなかったと会社側は認めていたのですが、その場合の就業規則は無効になるのでしょうか？
③7月〜10月までは時短勤務を行いながら傷病手当を申請していたのですが会社は働いていた日を省かず休職期間を述べでカウントしているとの事でしたがそれは正しいのでしょうか？ ご回答いただければ幸いです。
お気持ちはよくわかります。お困りのことと存じます。詳しい事情がわからないので、一般論として回答できるところだけ、ご対応いたしますと、会社の対応には違法性がない可能性が高いです。
① 退職の方が優先される可能性が高いです。
② 周知がなされている可能性が高いです。周知とは事業場に備え付けてみることができる状態にすれば足りるとされます。周知要件不充足でも就業規則等関連規定が無効になるのではなく労働契約規律効が否定されるわけですが、されても休職をこれ以上みとめない措置をとることは可能です。
③ 休職に関する規定次第です。
弁護士に依頼されているのですから、まずは、その先生と徹底的に相談協議してください！！ ただ、何らかの手立てはあるかもしれません。法的に正確に分析されたい場合には、労務管理と労働法にかなり詳しく、上記に関連した法理等にも通じた弁護士等に相談し、証拠をもとにしながら具体的な話をなさった上で、今後の対応を検討するべきです。労務管理と労働法に精通した弁護士への直接相談が良いと思います。なぜならば、法的にきちんと解明するために、良い知恵を得るには必要だからです。良い解決になりますよう祈念しております。