退職前に横領疑惑を解消する方法と注意点

会社口座の通帳からお金を引き出し、金庫に入れていたのをすっかり忘れて通帳にお金がないことに焦り、自分のお金を会社口座に振込んだあと、引き出して必要なものを購入したりしました。
その後金庫にお金があった事を思い出し、振込んだ金額は自分の財布に戻しました。
戻した金額以上に金庫にお金が入っていて、残りを口座に入金しに行けばよかったのですが放置してしまい、そのお金がなくなったと言われ横領を疑われています。16万円ほどだと言うことです。
上司からは私が持っていて出てくればよかったね〜で済むけど…と何度も言われましたが、金庫に残ったお金は全く手を付けていないのでわかりません。していないことをしたとは言えないです、と回答しています。
ただ、疑わしい行動をしてしまっているので疑惑の目を向けられるのも仕方ないとは思います。

本題は、元々退職しようと思っていたため、転職活動をしていて次が決まったので今週末に退職を申し出る予定でいたのですが、今自宅待機中になってしまったことで退職を伝えた場合、横領を隠すために退職したのだと思われ証拠の1つにされてしまいそうなのですが、そうさせることなく退職することはできますでしょうか。

文面を見る限り、理由はどうあれ補填のために「自分のお金を会社口座に振込んだあと、引き出して必要なものを購入」した時点で、会社のお金を使って私物を買ったことになるので、横領罪であることが明らかだと思うのですが…
一度、法律相談して他の弁護士の見解も確認の上、今後の対応は慎重に進めた方がよいでしょう。

購入したのは、その通帳から支払いが必要な金券及び物品代です。
通帳のお金を私的利用したことはありません。わかりづらく、申し訳ありません。
通帳に購入に必要な金額をおろした記帳が必要なため、焦って必要な金額を自分のお金を振込み、そこからおろして購入しました。