複雑な借地権の所有権移転登記に対する税等の負担軽減策

30年前に父が亡くなり父名義の借地権付き建物が競売に。資産家の祖母の妹(甲)が1500万で落札してくれました。覚書を作成(当核物件は私達(乙等)が甲より融資を受けて競落したものとする。当核物件に係る固定資産税、火災保険、諸税や維持管理費は乙等の負担とするが所有権移転までの間は甲が立て替える。乙等は甲に対して毎月◯万円以上の金銭を振り込み立替金に充当する。融資金及び立替金の精算が完了するまでは所有権の移転を留保する。)私達は居住しながら毎月返済をして5年前に完済。完済後は乙名義で地主に地代を振り込み。所有権移転をしようとした矢先に甲に認知症の疑いがあり、甲と同居している甲の息子に生前対策をお願いしましたが、甲の実印や帳簿の場所がわからないなどの理由で先延ばしにされそのまま甲が死去。借地権は甲の息子に相続されました。私達は居住中で地代も払い続けてます。地代の更新料の時期になり地主が甲の息子に更新料を求めると拒否をし(覚書では所有権移転までの間は甲が建て替えると)乙に支払いを恫喝。また甲の息子は借地権はいらないので借地権の相続税(甲から息子へ借地権を相続分)と借地権を私に贈与するので贈与にかかる贈与税の一括での支払いを強く言われています。合計すると1000万を超えます。甲の息子が自分の住んでいない不動産に一銭たりとも出したくない心情は痛いほど理解できます。私どももそれは望んでませんでしたがこの様な状態になってしまった事に甲の息子は何の責任はないのでしょうか?実印や帳簿を探したりできる事はあったと思います。少しでも負担が少なく権利をきっちりできる方法はないでしょうか?私どもは借地権を売却して利益を求めようとかではなく、生まれ育ったこの家に住み続けて私達夫婦に何かあった時に子供達が安全に暮らせて第三者に脅かされない様に権利を確固たるものにしたいだけなのです。その為に支払うべきものは支払い、支払う必要のないものは支払いたくありません。

複雑な関係です。
父死後の債務の相続関係かが最初ですね。
次は覚書の解釈ですね。
つぎに甲死後の、底地所有者を含む法律関係ですね。
弁護士に直接相談されたほうがよろしいと思います。
私の回答はここまでです。

まちこまるさんの記載なさった事情、特に覚書の内容からすれば、所有権移転の合意がされているので、甲の息子からの移転は贈与ではなく贈与税は生じません。
また、相続税も、甲の息子の申告の内容の問題なので、本来負担すべきでなかったかもしれない可能性があるので、支払う義務はないということになります。
所有権移転登記を求めて裁判を起こすというのが本筋でしょう。
弁護士に依頼してください。