別居中の相手の年収を調べる方法はあるのか

配偶者が家に帰ってこない状態です。
このまま別居となる可能性が高いので、婚姻費用のために配偶者の年収を知りたいです。
源泉徴収などは全て持ち出しされていて分かりません。

役所などを通して把握するすべはあるのでしょうか?

住民票を移してないので、担当者は、別居かどうかわかりません。
役所で、課税証明書を請求して見るといいでしょう。

相手方の収入について不明な場合、婚姻費用調停を申し立て、その中で収入を証明する資料の提出を求めたり、任意に応じないならば、裁判所に相手方の勤務先に対する調査を申し立てる等の方法が考えられます。
どうしても収入関係資料が分からない場合は、事情に応じて相手方の収入が推定される場合もあります。

いずれにせよ、婚姻費用については、家庭裁判所への申立てが遅くなると、婚姻費用の支払いが認められる始期が遅くなるリスクがあり、可能な限り早く申し立てる方が望ましいところ、すぐにでもお近くの弁護士事務所等にて、直接弁護士にご相談される方がよろしいかと思います。