夏季休暇未取得と時間外労働の適正性についての相談

初めまして。お忙しいところ恐縮ですが、以下2点の相談に乗っていただけますと幸いです。
1点目は夏季休暇の取得について、当社では、7~9月の間で3日間の任意の休暇を取得できることになっていますが、取得出来ていない方がいます。積極的に取得をしなかった本人も悪いとは思いますが、取得しづらい環境でもあります。このような場合、期間が定められている以上、取得の権利は消滅してしまうのでしょうか。
2点目は、時間外労働について、当社の終業時刻は17:45と定められていますが、時間外労働をする場合、18:00から30分単位でしかカウントされません。17:45~18:00まで謎の15分間があります。この15分間の無給は適正なのでしょうか。
以上、よろしくお願いいたします。

夏季休暇(法定外休暇)については、就業規則で期間を限定しているのであれば、当該期間を経過してしまった場合には取得する権利も消滅するものと考えるのが一般的かと存じます。
また、時間外労働について、17:45~18:00までの労働時間を無給とする取扱いは違法ですし、毎日の残業時間を30分単位で計算することも違法ですので、従業員が労基署に通報する前に適切な労務管理体制を整えることを強くお勧めいたします。

ご回答ありがとうございます。いち従業員の立場から労務管理体制の整え方や手順というものがわかりません。波風を立てない整え方はどのような手順を踏めばよろしいでしょうか。