賃貸借契約、短期解約違約金について

不動産賃貸についてご質問させてください。
私が貸主(法人)の立場で、入居者(個人)側が賃貸借契約内容に違反したため退去依頼を出し合意しました。
その賃貸借契約内に短期解約違約金の記載もあり期中の為、本来であれば短期解約違約金を頂く期間内です。
入居者側の賃貸借契約内容に違反で退去ですが、貸主側からの退去依頼で出ていく場合はこの短期解約違約金は請求できるのでしょうか?

契約書の内容次第ですので、契約書をご持参の上、近隣の弁護士にご相談に行かれた方がよろしいかと存じます。

一般論として言えば、請求できません。

検討すべきは、”退去に関する”貸主と借主のやりとり、合意内容です。

ご自身でも記載されていらっしゃるように、
借主側からの解約申し入れでも、貸主側からの契約解除でもなく、
合意解除ですので、短期解約違約金の条項がそのまま適用されることはありません。
もっとも、損害賠償請求自体を合意解除の際に放棄したという事情がなければ、
賠償請求できる可能性もあります。
ただ、その場合は借主側とは揉めることになるでしょう。
合意解除の取消主張といった話になることも考えられます。