当て逃げによる全損事故の補償額について

8/1妻が自転車使用中、昼食をとる際お店の前に自転車を停めていたのですが、店からでると自転車が走行不可(前後輪ぺちゃんこ)の状態でした。

商店街だったこともあり、目撃者様がおり飲料交換トラックが轢いていったとのこと。
周りを探すとそれらしきトラックがあり
ドライバーに話を聞くと自供。
警察官も立ち会い全損扱いとなりました。

そこから相手方の保険会社とのやりとりが始まり、補償については査定をその金額分しか保証できないとのこと。

電動自転車かつ購入から数年経過していることもあり、査定額によっては同等の電動自転車を購入することも難しいと思います。

でた査定額に対し、交渉することは可能なのしょうか?

多少は交渉の余地があるかもしれませんが、補償額は基本的に事故時点での自転車の価値になります。
購入してから年数が経っている場合、自転車の価値は、購入額から下がってしまうのが実情です。