遺産分割と遺留分侵害額請求における特別受益の扱い方の違い

父亡き後、母が亡くなり、相続人は子供二人のみです。 
両親亡きあと、父の遺産分割審判が申し立てられ、和解が成立しました。 
ところが、母が「私に多くを残す」との遺言書を残したことから、現在は遺留分請求調停が申し立てられています。 
いずれも申立人は兄、私は相手方となります。

子供二人の名義で100万円単位での銀行口座の同額の入金が複数回あり、兄は生前贈与、私は、医療費がかさんだ場合に出金するとの条件での入金でしたので、生前贈与ではないと主張しています。 
父の遺産分割では遺産の範囲での争いは審判では扱わないとの裁判官のご判断で、これらは遺産に差し戻しがなされませんでした。

ところが、母の遺産にも上述と同様の金員があり、遺留分侵害額請求調停では、裁判官より
「いずれにせよ、特別受益とみなされ、合計遺産額に加算した後、遺留分侵害額の算出では減額される」
と指摘されました。
同様の金員が、審判では特別受益とみなされず、遺産に加算されなかったのが、遺留分侵害額請求調停では特別受益とみなされています。

何故、このように取り扱いが異なるのかを疑問に思います。 
特別受益の捉え方は遺産分割調停/審判と遺留分侵害額請求調停では異なるでしょうか?

ご教示いただければ幸いに思います。
どうぞ、よろしくお願いいたします。

何故、このように取り扱いが異なるのかを疑問に思います。 
特別受益の捉え方は遺産分割調停/審判と遺留分侵害額請求調停では異なるでしょうか?
 特別受益の考え方は同じです。
 どのような主張の仕方をしたのかわかりませんので、正確にはわかりませんが
 最初の遺産分割では、立替金への返済かどうかが争われたので、
 それは立替金の存否という権利義務の存否を確定することなので訴訟でやることと裁判官が判断したもので
 今回は、それは、贈与か立替金かという特別受益の有無の判断なので、
 訴訟によらずに扱うとしたと考えられます。
 遺産分割は、調停が決裂した場合は審判で、権利義務の存否は訴訟で確定することとなる、
 遺留分の場合、調停が決裂すれば訴訟なので、権利義務の存否も一緒に判断されることとなる
 という手続的な違いもあったのかもしれません。
 
 詳しい事情は分かりませんが、最初の遺産分割の事件では贈与か立替金かは
 特別受益がどうかの問題なので遺産分割で取り扱うべきで、
 後の遺留分の事件では、贈与と立替金の返済ではどちらにせよ特別受益ということはない
 ので、どちらでも特別受益として扱うというのはおかしいような気がします。

 詳しい事情を弁護士に面談で話して相談された方がよいと思います。

ご教示いただきありがとうございます。
大変参考になりました。
さらに、詳細を追記して、再度掲載を致します。
よろしくお願いいたします。