等価交換時の契約と所有権移転登記について

初めまして。
父の借地100坪を等価交換により半分の50坪を取得する事になりました。分筆登記をし地主側に建っていた平屋をこちらが解体、滅失登記を済ませました。契約書を待っているところですが、地代を納める期間を、滅失登記まで。と言ったみたり、契約までと言ってみたり、曖昧です。とりあえず滅失登記まで払います。と言っても、うちはいつでもいいですが。と必ず付け加え、後でまとめての方がいいですかね。とあやふやな感じで伸ばしているように感じてしまいます。100坪の賃貸契約書には、3ヶ月滞納した場合は、契約を解除し、更地にして返すとうたっています。もうすぐ4月末で3ヶ月です。この場合、どのようにしたら良いのでしょうか。
また、私の父が高齢で体調がよく無いので、契約書を急いでいただく事はできますか?と伺ったところ、契約書作成に時間がかかっているので、土地の方を先に進めましょうか。と打診がありました。所有権移転登記と思います。契約書の前に所有権移転登記を進めても大丈夫なのでしょうか。
不安があります。
この場合のメリット、デメリットと注意点、地主に確認するべき事を教えて下さい。よろしくお願い致します。

契約書は、合意の内容を文章(書面)にまとめたものですから、本来は、その内容自体は事前に確定しているものです。
契約書作成に時間がかかっているというよりも、詳細を決めずに見切り発車をしてしまったというように感じます。
いわゆる正式な契約書でなくてもよいので、地代の支払い時期、方法などきちんと「確定」して覚書にしておく方が安全だろうと思います。

所有権移転登記を先行させることのデメリットというよりも、詳細についての取り決めがないこと自体がデメリット(どのようなトラブル(相手の言い分)がでてくるかが分からない)なので、まずはそこをきちんとしたほうがよいと思います。

教えてください。
所有権移転登記の書類上に登記の原因として、
交換契約とあり、乙の本件不動産と、申の有する借地権とを交換するとあるのですが、底地のことを本件不動産と明記するのは普通ですか。

「本件不動産」という表現は、ある特定された不動産を略称でよぶ場合に用います。
たとえば、冒頭で、「後記不動産目録1記載の土地(以下「本件不動産」という。)」というように、具体的に何か特定されているのが普通です。
単に本件不動産といっても、それが何を指すのかは特定できていないので不適切です。

正確には、
乙が所有する本件不動産と乙が所有する(…区…番、および…区…番の土地)に甲が有する借地権とを交換するこたを約した。
本件不動産の所有権は乙から申に移転した。となっていますが、気になるところはありますか。

ネット上の断片的な情報では、残念ながら回答は困難です。
契約条項が適切かどうかは、当該条項の表現だけではなく、実態と合致した内容の条項なのか、不足はないかなどの検討が必要です。
もし、契約条項の適否について確認したいと言うことであれば、それらを弁護士に直接見せて相談することをお勧めします。

教えてください。
借地権半分をお返しする地主さんの土地に、昔から自然に生えた大きな樹木があります。境界線のブロック塀の下に根が入り込んでいます。お返しするのにこちら側が木は伐採したのですが、それ以上はブロック塀を壊さないと処分できません。
契約書には、ブロック塀やその基礎部分塀等を解体する時は、それぞれの土地の所有者が費用をもって処分をすること。とあります。
自然に生えた樹木というのは、通常どのように対処するのでしょうか。
宜しくお願い致します。