離婚した後の戸籍変更

妻の不貞で離婚しました。
子供達2名は元妻が親権者となります。
元妻が戸籍を外れ、新たな戸籍に元妻、子供達2名が入り、子供達の苗字が変わっていました。
元妻の戸籍に子供達が入るのは子供達も元妻の苗字にしないといけないのでしょうか?
私の苗字のままではダメなんでしょうか?
戸籍は離婚後も子供達はそのままで私の苗字のままだと思っていました。
子供達は望んでおらず、お母さんが名前変わるからとの説明くらいしかなかったそうです。
子供達はできれば変わらないほうがいいと言っています。
再度、私の苗字に変更する事はできますか?
最後に父親である私に相談、一言なく、そのような事をした元妻へ何かできないでしょうか?
納得できません。ショックでした。

一つの戸籍に氏(姓)は一つしか認められないので(同一戸籍同一氏の原則。戸籍法6条)、母親の戸籍に子供達が入るには、子の氏を母親の氏と同じにする必要があります。
子の氏の変更は、15歳未満であれば子の法定代理人(親権者)が家庭裁判所に申し立てて許可を得て行うので、親権者でない父親として何かをするというのは難しいと思います。
なお、子が15歳以上であれば、子自ら子の氏の変更を申し立てることができます(民法791条)。