"未成年取り消しについて。

私が高校3年生の時出会い系サイトで知り合った方に親の同意無しでお金を貸してもらいました。

未成年取り消しをしたいと言ったところ、
取り消しは出来るけど、貸した事実は残るよと言われました。

どういう事なのか教えて頂きたいです。

相手が私に対して訴えると言うことなのでしょうか。

取り消された行為は、初めから無効となります(民法121条)。
ご相談者様がどのように相手方に伝達したかは不明ですが、後日の紛争防止のために、未成年行為取消権を行使することは口頭ではなく書面等の形に残るもので明示した方が良いでしょう。