業務都合によるお休みが有給付与に関与されるのは適切でしょうか?

入社し3ヶ月ほどになります。5月に有給が付く予定なのですが、子供の体調不良により欠勤が多く8割がギリギリのようです。

なのですが、入社月に業務都合でのお休みが発生しており、その分も欠勤として出勤率が計算されています。
所謂会社都合でのお休みなのに、有給付与に関わる出勤率の計算に含まれるのは納得いかないところがあります。
また、入社月は1日からではなく6日からでしたが、それまでの出勤日(平日勤務で1~5日の内土日を抜いた日)も分母として数えられていて、その分も出勤率が低くなっている原因のように思います。

上記の分がなければそこまでギリギリにはならず有給付与に関してこのような計算方法は普通でしょうか?
もし本来欠勤として計算しない場合、どういった法律により認められないとすることが出来ますか?

有給付与の関係では、労働者の責めに帰すべき事由によらない不就労日は、欠勤ではなく
出勤日数に算入すべきとされています。
基準法39条ではなく、通達ですね。
基準監督署に問いあわせてみるといいでしょう。