家族を巻き込まず縁を切りたいです。

2年ほど前にパパ活サイトで会って
色々相談事を聞いてもらったり
生活面での支援(ここに関しては私が現在妊娠中なので返済は焦らなくて良いと承諾得てます。子供はその人との子供ではないです)、家庭問題、異性トラブルでのことでも助けをして頂いてすごく感謝はしているのですが、
出産して落ち着いたら家に来て自分の存在をなかった事にしたくないから家族と話すなどと言われました、その他にも妊娠した際に謎の手紙を送られたこともあり親には相手のことは言えず警察にだけ相談したのと突然入院先の病院にも来られたりしました。
もうどうしたらいいかわかりません。

ストーカー事案として対応を進めることになるように思います。

あらためて警察にご相談いただき、相手方への警告などをおこなってもらってください。

相手との交際を断ち切らないとだめでしょう。
警察も、あいまいな関係では、ストーカーと認識できないでしょう。
弁護士を入れて、交際しない旨、通知するといいでしょう。

相手との関係をどのように清算するかが重要でしょう。

今後の相手との関わりを断って、借りたお金の返済だけを清算する形にするのであれば、そのように話をする必要があります。

相手からの連絡がしつこくきたり、付きまとい等が起こるようであれば警察と連携してストーカー被害について対処していく必要があるでしょう。

弁護士を入れて相手にその旨伝えた上で、警告も併せて行うということも可能です。