会社の社長が離婚の慰謝料を会社の給与という形でもう働いていない元配偶者に返済することはOKですか?

現在働いている会社で、社長がご自分の離婚の慰謝料を元妻に給与として離婚後数年間支払っていますが違法ではないのでしょうか?

元妻の方は以前会社に役員(常務)として所属していましたが、離婚の際に会社を離れているはずで、仕事はしていません。
会社の従業員名簿にまだ名前が残っており、現在も給与として支払われているようです。

会社に対する善管注意義務に違反します。
ただ、あくまで会社は株主が所有しているものなので、全株主が支払いを承認しているのであれば、会社から責任を問われることは事実上ないと思います。
なお、慰謝料の支払いを給与として申告しているのであれば、税法上問題となることは考えられます。