薬機法管理者 業務委託契約について

薬機法管理者として広告表現をチェックする業務委託についての質問です。
私は個人事業主として、企業と業務委託契約書を締結予定です。
先方雛形の契約書をいただいたのですが、薬機法や景表法に違反しないことを表明保証するよう記載がありました。

チェック業務自体に不安がある訳ではないのですが、薬機法や景表法に違反するか否かは行政機関の裁量により決まるものなので、こちらとしては保証したくはありません。

上記のような表明保証はするべきでしょうか?

ご指摘のとおり、客観的に薬機法や景表法に違反していないことを表明保証するのは困難と思われますので、表明保証条項の主観に限定をかける(「知る限り…違反するものでないことを表明し、保証する」等)ように修正を提案することも考えられるかと存じます。
いずれにせよ、実際の契約書を弁護士にレビューしてもらう方法が安全なように思われます。