業務委託契約における勤務時間と業務指示に関する問題についての対応方法について

業務委託契約をしている会社は代表取締役1名の会社です。その代表に、特定の勤務時間の強制と、作業の指示をされ、理由を述べた上でお断りしましたが、それが理由で契約の中途解除を求められました。契約有効期間は2023年10月2日から12月31日にもかかわらず、現時点で約3週間です。

契約解除の取り消し、時間指定・作業の指示の見直し、労働済み時間の報酬の支払、また別途成果報酬の支払をしてもらうにはどうしたらよろしいでしょうか。

契約内容と、作業の指示内容次第です。
不当な解除でしたら、損害賠償として報酬の請求は可能でしょう。

また、一定の業務をしているのであれば、その分の請求も可能です。

民法第六百三十四条 次に掲げる場合において、請負人が既にした仕事の結果のうち可分な部分の給付によって注文者が利益を受けるときは、その部分を仕事の完成とみなす。この場合において、請負人は、注文者が受ける利益の割合に応じて報酬を請求することができる。
一 注文者の責めに帰することができない事由によって仕事を完成することができなくなったとき。
二 請負が仕事の完成前に解除されたとき。

いずれにせよ契約と業務と指示の関係次第ですので、その辺りの法律相談がよいでしょう。
ただし、費用対効果の面で弁護士には依頼までするのは厳しいことはあります。
その場合でも相談で、対応方法のアドバイスをもらいましょう。