賃貸退去後、敷金とフリーレントが返金されない状態で、多額の退去精算の請求がきて平行線

1. 概要
賃貸物件:都内の戸建て
月額賃料 315,000円(管理費込)
敷金 63万円(うち315,000円償却)
契約日 2014年5月9日
解約日 2023年4月12日
解約理由 オーナーさんがこの物件に戻り住みたいという希望があり、フリーレント1ヶ月、退去費用2ヶ月をつけてもらうことを条件に解約を同意しました。

2. 2023年6月13日 退去精算オーナーから請求あり
クロス張替え
床張り替え
駐車場補修
クリーニング (エアコン )
*クリーニング(室内清掃 ¥100,000 )
*残置物処分 (¥10,000 )
インターホン補修
合計 786,116円

3. 都市整備局不動産業課 賃貸ホットライン相談
上記*印2項目¥110,000以外は支払いをする義務がない
賃貸管理会社からオーナーへ折衝(交渉)を重ね1ヶ月ほど経過し交渉を進展させることができず平行線

4.手続き 
オーナーに対し、敷金1ヶ月分、退去費用2ヶ月、フリーレント1ヶ月分の合計4ヶ月分(126万円)を請求し、退去精算の11万円を差し引いた金額(115万円)を支払うように求める。

支払い義務がない項目については、その根拠を聞いておいたほうがいい
でしょう。
民事調停先行が多い事案ですね。
調停不成立なら簡易裁判所での訴訟になります。

「フリーレント1ヶ月、退去費用2ヶ月をつけてもらうことを条件に解約を同意しました。」

←この点は、合意書などあるのでしょうか。

あるのであれば、調停ではなく訴訟を起こした方が良いと思います。調停手続きは単なる話合いの手続きで強制力がないためです。

ありがとうございます。
オーナーさんはとても変わっている方で、管理会社も頑張って交渉話し合いをしてくれているのですが、主張は変わらず訴訟するために弁護士を探した方がいいという見解でした。
合意書はなく、管理会社は証人になってくれると言ってくれてはいるのですが、それだと効力がないでしょうか?

合意書がないのですか。メールでのやり取りもないですかね。

口約束ですと、証言だけでは正直厳しいですね。