請求書の額を出せないと納品後に金額を減らされました、またそれを給料から天引きされています。

アルバイトをしながら動画などの事業をしている者です。アルバイト先から助成金を得るため動画編集をしてくれないかと依頼をされたので、見積もりし請求書を制作し納品しました。お金はしっかり支払われたので大丈夫だったのですが、しかし後日、見積もりにこんなにお金は出せないと、4分の1の額にされ、すでにお金はこちらにあるので、今月稼いだアルバイトの給料から天引きされてしまいました。今もまだ給料天引きが続いています。助成金申請書では正当にお金のやり取りをしたという紙も書いたのですが....どうすればいいでしょうか。よろしくお願いします。

同意のない給与からの天引きは違法です。

また、会社側は助成金の不正受給を行っている可能性があるように思います。不正受給だとすれば詐欺罪です。
助成金申請に関して手元に資料が残っているようであれば、申請先機関に問い合わせていただき、今後の対応についてアドバイスを受けてください。
詳細が不明な場合は最寄りの警察署にご相談ください。