会社の対応及び医療機関Bの診断書発行における問題点とコンプライアンスについて

以前より早出残業代未払いについて(未解決)等、社長と対峙することがすることが多々ありました。

今回社長からのパワハラにより、医療機関Aにて適応障害と診断を受け診断書を貰い、休職することになりました。
(パワハラの内容としては、社長に私だけが悪者扱いされる、といった感じです。)

診断書の内容には、【業務に起因してメンタルヘルス不調が生じたと思われる】との記載もしていただき、その診断書と共に社長には休職したい旨を伝えました。
社長は、診断書の【業務に起因して〜】の記載が不満であったらしく、「会社が指定する医療機関B(会社と取引のある医療機関、産業医ではない)に行って『意見書』を貰って来い、診断書はいらない」と言われ、会社が作成した意見書を持って受診しました。
その意見書には、【療養に専念する事が望ましい】というような記載のある意見書を書いてもらいました。

翌日、社長に意見書を提出して少し経ってから、「医療機関Bに診断書の発行をお願いしたから」と言われ、社長が私の同意なしに診断書を受取に行きました。
(当時は、「診断書は要らんって言ったやん」としか思っていなく知識も特にないので深くは考えてなかったのですが、後から周りに聞くと診断書は基本的に本人からの依頼(本人の同意がある上)で発行されるものであるので、社長と言えど勝手に他人の診断書発行依頼及び受け取りは出来ないと教えてもらいました。因みに私は診断書発行依頼をしたと事後で聞いたので同意はしていません。)

案の定、会社が指定した医療機関Bの診断書には適応障害との病名は書かれているが、休職期間が医療機関Aの診断書よりも短く、適応障害との診断に至った原因(業務に起因するものかどうか)など記載はありませんでした(基本はないのかもしれませんが)。

業務上、業務外云々に関して私自身が気にしてる点としては、
業務外による傷病で休職となると、
①勤続期間が通算されず、その分有給休暇の付与がなくなる。
②他にも私に不利益な対応をされる可能性があるかもしれない。

案の定会社の結論としては、【業務外による傷病扱いにする】という判断を下されました。

質問としては、
①医療機関Aの診断書に、【業務に起因して〜】という文言があるにも関わらず、会社が勝手に業務外と判断出来るのか?
②医療機関Bが発行した診断書に関して、私が知らない所で社長が勝手に発行依頼をし、受取までさせた医療機関B及び会社はコンプライアンス的に大丈夫なのか?

補足:その医療機関Bに問い合わせた所、「会社から診断書作成依頼があった時点で、患者本人の同意の元会社が依頼しているものとみなしている(患者本人の同意を得ているのかを確認したとも言っていたし、確認してない、とも話が何度も二転三転してました)」し、「患者本人に診断書を作成する旨の連絡をしている(私には連絡は来ていません)」とのことでした。
患者である私自身は同意どころか私の知らない所で作成依頼を勝手にされていた旨を伝えても、「それは患者本人と会社との話であるのでうちに言われても困ります」というような回答をされました。
ただでさえ、社長からのパワハラで体調不良をきたしているという症状を訴えているにも関わらず、このような対応をされ、更に精神的苦痛を与えられています。

会社及び医療機関Bに損害賠償等請求できる可能性があるのであれば、その点もご教示いただきたいです。

労災申請とパワハラに対して、慰謝料請求になるでしょう。
申請方法については、監督署に問い合わせるか、ネットで情報収集するといいでしょう。
慰謝料請求は、弁護士に相談、協議するといいでしょう。