隣人トラブルにおける迷惑行為防止条例違反の有無の確認方法と名誉棄損の訴えについて教えてください。

隣人トラブルで一方的に迷惑行為防止条例違反とされてしまったかどうか確かめたいのですが、それを確かめるにはどのようにすればいいのでしょうか。また迷惑行為防止条例違反とされていた場合、名誉棄損として訴えることはできるのでしょうか

「迷惑防止条例違反とする」という内容が不明確です。
条例違反(罰則部分)として告訴・告発され、それが受理されるという意味であれば、警察・検察から事情を聴かれるでしょう。違反かどうか公的に判断するのは、トラブルの相手ではありません。不起訴処分の場合検察官(起訴猶予・嫌疑不十分・嫌疑なし)であり、起訴された場合は裁判官となります。(不起訴の理由は、明らかにされないこともあります。)
名誉毀損となるのは、「迷惑防止条例違反となる○○の行為をした」と不特定・多数に告げられたりした場合となりますが、聞いた人から伝え聞く以外に確かめる方法はありません。